Alors... tout d'abord, Harry ne meurt pas parce que le sort de Voldemort ne fait que détacher le Horcruxe de lui (Horcruxe représenté par l'espèce de chose immonde qui gémit dans la gare vide où il se retrouve avec Dumbeldore).

La pierre de résurrection n'a rien à voir, elle n'a servi qu'à faire apparaitre autour de lui tous ceux qu'il aimait et qui sont morts, pour l'aider à accepter son destin (à ce moment là, il pense sincèrement qu'il va mourir). D'ailleurs, il la laisse tomber au sol avant d'aller subir le Avada Kedavra de Voldemort.

Harry ne meurt pas complètement tout simplement parce que le Horcruxe qu'il portait en lui le rendait tout aussi immortel que Voldemort au moment où il reçoit le sort.
Mais comme le sort l'a séparé du Horcruxe, il pourrait désormais mourir comme tout le monde s'il le souhaitait.
Il décide de vivre pour aller au bout de son destin (tuer Voldemort) mais aussi, bien sûr, pour Ginny.

En ce qui concerne les incohérences, le fait que personne ne stupéfie Peter Pettigrew n'a rien d'incohérent(ils essaient mais n'y parviennent pas).
La seule réelle incohérence dans tous les livres, c'est plutôt la Carte du Maraudeur.
Harry la reçoit des jumeaux Weasley pendant sa troisième année. Les jumeaux expliquent qu'ils l'ont depuis leur première année.
Les jumeaux avaient donc la carte depuis l'arrivée de Ron. Ils ont donc forcément vu "Peter Pettigrew" et non "Croutard" s'afficher sur la carte.
Croutard dort dans le lit de Ron.
Donc, les jumeaux Weasley ont vu leur frangin dormir avec un mec parfaitement inconnu qui s'appelle Peter dans son lit. Et ça ne les a interpelés, à aucun moment? ça, pour moi, c'est incohérent.

... Et oui, j'ai pleuré à la mort de Dobby. ^_^

S'il y a autre chose que vous n'avez pas compris dans Harry Potter, y a qu'à demander !